WGCNA寻找玉米共同变化模块时，最容易忽略哪些条件
共表达网络能够压缩大量表达数据，但样品数量、批次结构和异常值会显著改变模块。图形清晰不代表结论已经稳定。
网络从样品关系开始
WGCNA依据多个样品中的共同变化建立联系。如果样品数量过少，或处理与批次完全重合，网络更可能反映实验安排而非稳定生物学关系。
把网络从样品放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论网络从样品时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。网络从样品缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。在网络从样品这个环节，尤其需要避免只看最终图表。
预处理会改变边的形状
低表达过滤、标准化和异常样品处理会影响相关结构。分析报告应保留输入矩阵版本与过滤规则，让其他人能够理解模块为何出现。
把预处理会改变放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论预处理会改变时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。预处理会改变缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。关于预处理会改变的判断只适用于条件能够对齐的资料；样品来源不明时，应先停止合并。
模块名称不是功能证明
模块与某个表型相关，并不等于其中所有基因都执行同一功能。功能富集、已知通路与独立实验可以帮助解释，但仍需区分统计关联和机制证据。
把模块名称不是放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论模块名称不是时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。模块名称不是缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。若模块名称不是暂时无法补齐字段，可以明确标记缺口，而不是用零值或默认名称代替。
跨实验复现比颜色更重要
软件为模块分配颜色只是便于识别。真正有价值的问题是相似基因集合能否在另一个数据集或条件下再次出现，以及方向与效应是否一致。
把跨实验复现比放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论跨实验复现比时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。跨实验复现比缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。完成跨实验复现比的核对后，再决定资料适合用于探索、内部比较还是对外结论。
导出结果时保留分析语境
除了基因列表，还应保存参数、模块成员度、表型定义和样品说明。这样结果进入VANTED或其他可视化工具后，不会只剩一张无法追溯的网络图。
把导出结果时保放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论导出结果时保时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。导出结果时保缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。导出结果时保若出现相反证据，应保留原判断所处的样品集合和实验条件。