WGCNA寻找玉米共同变化模块时，最容易忽略哪些条件
共表达网络能够压缩大量表达数据，但样品数量、批次结构和异常值会显著改变模块。图形清晰不代表结论已经稳定。
网络从样品关系开始
WGCNA依据多个样品中的共同变化建立联系。如果样品数量过少，或处理与批次完全重合，网络更可能反映实验安排而非稳定生物学关系。
把“网络从样品关系开始”放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论“网络从样品关系开始”时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。“网络从样品关系开始”缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。在“网络从样品关系开始”这个环节，尤其需要避免只看最终图表。
核对“网络从样品关系开始”时，可以分别写出已确认的事实、依据现有数据作出的推论，以及目前无法回答的问题。“网络从样品关系开始”的事实应回到样品或文件，推论要说明比较条件，未知部分则保留原因。三者分开以后，“网络从样品关系开始”出现新数据时只需更新受影响的判断，不必重写整段历史。关于“网络从样品关系开始”的判断只适用于条件能够对齐的资料；样品来源不明时，应先停止合并。
从数据管理角度看，“网络从样品关系开始”还涉及版本与责任边界。“网络从样品关系开始”对应的原始读数、清洗矩阵和制图结果不应互相覆盖，每次转换都要留下输入、参数与输出。团队成员看到“网络从样品关系开始”的图形时，能够沿记录回到样品与处理，才有条件判断其中模式是否值得继续验证。若“网络从样品关系开始”暂时无法补齐字段，可以明确标记缺口，而不是用零值或默认名称代替。
预处理会改变边的形状
低表达过滤、标准化和异常样品处理会影响相关结构。分析报告应保留输入矩阵版本与过滤规则，让其他人能够理解模块为何出现。
把“预处理会改变边的形状”放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论“预处理会改变边的形状”时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。“预处理会改变边的形状”缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。关于“预处理会改变边的形状”的判断只适用于条件能够对齐的资料；样品来源不明时，应先停止合并。
核对“预处理会改变边的形状”时，可以分别写出已确认的事实、依据现有数据作出的推论，以及目前无法回答的问题。“预处理会改变边的形状”的事实应回到样品或文件，推论要说明比较条件，未知部分则保留原因。三者分开以后，“预处理会改变边的形状”出现新数据时只需更新受影响的判断，不必重写整段历史。若“预处理会改变边的形状”暂时无法补齐字段，可以明确标记缺口，而不是用零值或默认名称代替。
从数据管理角度看，“预处理会改变边的形状”还涉及版本与责任边界。“预处理会改变边的形状”对应的原始读数、清洗矩阵和制图结果不应互相覆盖，每次转换都要留下输入、参数与输出。团队成员看到“预处理会改变边的形状”的图形时，能够沿记录回到样品与处理，才有条件判断其中模式是否值得继续验证。完成“预处理会改变边的形状”的核对后，再决定资料适合用于探索、内部比较还是对外结论。
模块名称不是功能证明
模块与某个表型相关，并不等于其中所有基因都执行同一功能。功能富集、已知通路与独立实验可以帮助解释，但仍需区分统计关联和机制证据。
把“模块名称不是功能证明”放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论“模块名称不是功能证明”时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。“模块名称不是功能证明”缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。若“模块名称不是功能证明”暂时无法补齐字段，可以明确标记缺口，而不是用零值或默认名称代替。
核对“模块名称不是功能证明”时，可以分别写出已确认的事实、依据现有数据作出的推论，以及目前无法回答的问题。“模块名称不是功能证明”的事实应回到样品或文件，推论要说明比较条件，未知部分则保留原因。三者分开以后，“模块名称不是功能证明”出现新数据时只需更新受影响的判断，不必重写整段历史。完成“模块名称不是功能证明”的核对后，再决定资料适合用于探索、内部比较还是对外结论。
从数据管理角度看，“模块名称不是功能证明”还涉及版本与责任边界。“模块名称不是功能证明”对应的原始读数、清洗矩阵和制图结果不应互相覆盖，每次转换都要留下输入、参数与输出。团队成员看到“模块名称不是功能证明”的图形时，能够沿记录回到样品与处理，才有条件判断其中模式是否值得继续验证。“模块名称不是功能证明”若出现相反证据，应保留原判断所处的样品集合和实验条件。
跨实验复现比颜色更重要
软件为模块分配颜色只是便于识别。真正有价值的问题是相似基因集合能否在另一个数据集或条件下再次出现，以及方向与效应是否一致。
把“跨实验复现比颜色更重要”放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论“跨实验复现比颜色更重要”时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。“跨实验复现比颜色更重要”缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。完成“跨实验复现比颜色更重要”的核对后，再决定资料适合用于探索、内部比较还是对外结论。
核对“跨实验复现比颜色更重要”时，可以分别写出已确认的事实、依据现有数据作出的推论，以及目前无法回答的问题。“跨实验复现比颜色更重要”的事实应回到样品或文件，推论要说明比较条件，未知部分则保留原因。三者分开以后，“跨实验复现比颜色更重要”出现新数据时只需更新受影响的判断，不必重写整段历史。“跨实验复现比颜色更重要”若出现相反证据，应保留原判断所处的样品集合和实验条件。
从数据管理角度看，“跨实验复现比颜色更重要”还涉及版本与责任边界。“跨实验复现比颜色更重要”对应的原始读数、清洗矩阵和制图结果不应互相覆盖，每次转换都要留下输入、参数与输出。团队成员看到“跨实验复现比颜色更重要”的图形时，能够沿记录回到样品与处理，才有条件判断其中模式是否值得继续验证。在“跨实验复现比颜色更重要”这个环节，尤其需要避免只看最终图表。
导出结果时保留分析语境
除了基因列表，还应保存参数、模块成员度、表型定义和样品说明。这样结果进入VANTED或其他可视化工具后，不会只剩一张无法追溯的网络图。
把“导出结果时保留分析语境”放回数据方法研究现场，可以看到记录结构会直接限制结论。讨论“导出结果时保留分析语境”时，材料的基因型、生长阶段、处理方式、测量单位和质量规则都需要明确。“导出结果时保留分析语境”缺少其中任何一项，跨批次比较都可能把实验安排造成的差异误写成生物学变化。“导出结果时保留分析语境”若出现相反证据，应保留原判断所处的样品集合和实验条件。
核对“导出结果时保留分析语境”时，可以分别写出已确认的事实、依据现有数据作出的推论，以及目前无法回答的问题。“导出结果时保留分析语境”的事实应回到样品或文件，推论要说明比较条件，未知部分则保留原因。三者分开以后，“导出结果时保留分析语境”出现新数据时只需更新受影响的判断，不必重写整段历史。在“导出结果时保留分析语境”这个环节，尤其需要避免只看最终图表。
从数据管理角度看，“导出结果时保留分析语境”还涉及版本与责任边界。“导出结果时保留分析语境”对应的原始读数、清洗矩阵和制图结果不应互相覆盖，每次转换都要留下输入、参数与输出。团队成员看到“导出结果时保留分析语境”的图形时，能够沿记录回到样品与处理，才有条件判断其中模式是否值得继续验证。关于“导出结果时保留分析语境”的判断只适用于条件能够对齐的资料；样品来源不明时，应先停止合并。